自治区第二人民医院始建于1963年5月，前身是自治区第一工人医院， 1988年9月10日正式更名为西藏自治区第二人民医院，1996年8月由罗布林卡南路整体搬迁到现在的院址（金珠中路119号）。

50多年来经过一代代"二医院"人的砥砺奋进，从小到大、从无到有，现院址占地面积为50927平方米，总建筑面积26958.7平方米，医疗用房面积12497.65平方米，精神卫生中心建筑面积4249.82平方米，周转房建筑面积5625.67平方米。

医院已发展成为集医、教、研、预防、保健、康复、急救为一体的现代化三级乙等综合性公立医院。