医院始建于1905年美国长老会创办的“仁济医院”。民国初期至1996年前为县级医院，1997年升格为地市级医院。2003年7月10日由政府主导，本着“靠大、靠外、靠强”的原则，加盟南京鼓楼医院集团，医院更名为“南京鼓楼医院集团宿迁市人民医院”，是全国第一家地市级公立医院改制医院。医院2005年9月晋升为三级综合医院，2008年12月被评为三级乙等医院。2019年2月通过三级甲等综合医院评审。2021年7月12日，更名为“南京鼓楼医院集团宿迁医院”。

医院占地面积63240平方米，现有医疗用房建筑面积17.2万平方米。医院开放床位2000张，现有48个临床病区，17个医技科室，其中江苏省临床重点专科及建设单位3个，宿迁市临床重点专科及建设单位29个，宿迁市医学重点学科及建设单位13个，医院先后创建成为国家胸痛中心、国家脑防委高级卒中中心及中国创伤联盟创伤中心建设单位，江苏省危急重症孕产妇救治中心、江苏省区域胸痛、卒中、创伤救治中心，宿迁市胸痛、创伤、卒中、孕产妇及新生儿危急重症救治中心，宿迁市综合救援基地、宿迁市中毒救援基地。2020年12月，获批国家第三批住院医师规范化培训基地。

医院现有职工2060人、卫技人员1861人，其中高级职称340人、中级职称588人，硕士286，博士8人（在读17人）。现有正副教授15人，25名硕士生导师，讲师138名。担任省市级学会主委、副主委58人，江苏省有突出贡献专家3人、江苏省333工程培养对象26人、市千名拔尖人才35人、宿迁市医学重点人才52人、苏北特聘专家4人。

2018年至今，我院获批江苏省科技厅项目1项，江苏省卫健委科研项目8项，江苏省中医药管理局项目1项，江苏省医院协会医院管理创新项目3项，江苏省妇幼保健协会科研项目2项，江苏省药学会科研项目7项，江苏省科协“青年科技人才托举工程”3项，宿迁市指令性项目32项，宿迁市指导性项目104项，徐州医科大学科技项目9项。荣获江苏省卫健委新技术引进奖二等奖1项，荣获江苏省妇幼保健协会新技术引进奖二等奖、三等奖各1项，荣获中国医药教育协会科技奖三等奖2项，荣获淮海科学技术奖二等奖3项，三等奖4项，荣获宿迁市“十大科技之星”荣誉称号1项。

医院不断加大软硬件的投入，加快发展步伐，强化科学管理，通过“互联网+”改善医疗服务，不断提高医疗质量和技术水平，强化医德医风建设，医教研等方面取得了长足性进步，同时注重对外进行医学技术和医院管理的交流，与美国、德国、加拿大、日本等国家的医疗机构建立了互派专家、学者访问、考察和进修等学术交流机制。医院先后荣获“全国百姓放心示范医院”、“全国模范职工之家”、“江苏省先进基层党组织”、“江苏省卫生系统先进单位”、“江苏省医保管理AAA级诚信服务单位”、“江苏省卫生行风先进单位”、“全国百姓放心医院百佳示范医院”、“江苏省平安示范医院”、“江苏省母婴安全优质服务单位”、“江苏省母婴友好医院”等荣誉称号。