深圳市人民医院始建于1946年，前身系宝安县卫生院，解放后更名为宝安县人民医院，亦称“留医部”，1979年更名为深圳市人民医院。1994年被评为深圳首家“三级甲等”医院，1996年经国务院侨办批准成为暨南大学医学院第二附属医院，2005年升格为暨南大学第二临床医学院，2018年挂牌南方科技大学第一附属医院。医院共有院本部、龙华分院、坂田院区、一门诊“四个院区”和一个科研基地，现已发展成为一个功能齐全、设备先进、人才结构合理、技术力量雄厚，集医疗、科研、教学、住院医师规培、保健为一体的深圳市最大的现代化综合性医院。

医院占地面积167708平方米，建筑面积353041平方米，开放床位3043张，在岗员工5110人，其中具有高级职称971余人，中级职称1384人，博士生导师28人，硕士生导师162人。2020年出院病人10.9万人次，诊疗人次308.9万人次。

2017年12月通过“三级甲等”医院复审，同年被国家卫生计生委、广东省卫生计生委评为“改善医疗服务行动计划”示范医院。2018年6月，获广东省政府遴选为全省首批九家“登峰计划”建设医院之一。2020年艾力彼全国顶级医院100强榜第82名，复旦大学医院管理研究所“华南区综合实力排行榜”第13名，2019年度三级公立医院绩效考核位列67名，获评等级A+。

医院拥有国家临床重点医学专科——呼吸内科，拥有呼吸与危重症医学科、肾内科、消化内科、感染内科、内分泌科、胸外科、口腔科、麻醉科、妇科、产科、新生儿科、急诊科、病理科、检验科、临床护理及医学影像科(含CT、放射、超声、介入、核医学)等16个广东省临床重点学科，拥有16个深圳市重点医学专科及7个市优秀学科群。2003年率先引进中国大陆第一台“宙斯ZEUS”手术机器人，并于2004年4月完成了中国大陆第一例机器人腹腔镜胆囊切除术。2013年介入微创诊疗中心被评为亚洲冷冻治疗培训基地。2014年胸外科完成了世界首例单孔全胸腔镜肺段袖式切除术，该项技术在SCI的发表标志着肺癌根治术，早期肺癌根治手术跻身国际水平。2015年9月获批“中国胸痛中心”医院。2015年10月获批人类辅助生殖中心。2017年1月被认定为“广东省产前诊断专项技术指导中心”、“广东省重症孕产妇救治中心”和“广东省重症新生儿救治中心单位”。2019年成功引进TOMO螺旋断层放射治疗系统和第四代达芬奇手术机器人（均为深圳首台）。

医院为国家住院医师规范化培训基地及临床技能模拟培训中心。为暨南大学第二临床医学院博士后创新实践基地。医院呼吸与危重症医学科为国家首批专培基地。医院现有内科学、外科学、妇产科学、儿科学等24个教研室。已培养硕士生950余名、博士生60余名，本科生350余名。每年招收临床实习生130余名，进修生120余名。

医院拥有3个广东省工程技术研究中心、4个研究所、6个深圳市医学重点实验室、5个深圳市工程技术研发中心，是国家级临床药物试验机构，干细胞临床研究机构，国家医疗器械试验机构。医院与广州呼吸疾病研究所钟南山院士呼吸内科团队、中国医科大学附属第一医院徐克教授介入科团队、北京大学第一医院霍勇教授心内科团队等23家知名学科团队签订“三名工程”合作协议。

2021年国自然立项31项，其中面上项目13项，青年基金项目18项，资助经费达1172万元，连续三年位居全市医疗卫生机构第一。2020年以第一作者或通讯作者发表SCI论文483篇，10分以上46篇。2019年在新英格兰杂志发表2篇论文，2020年在Lancet（IF60.39）发表1篇、JAMA（IF45.54）发表1篇，CELL（IF38.64）发表1篇，Nature子刊Naturecommunications发表3篇。2018-2020年以医院为第一完成单位共获科技成果奖7项。

医院先后选送专业技术骨干前往美国耶鲁大学、加州大学、斯坦福大学、纽约长老会哥伦比亚与康奈尔大学医院、迈阿密大学医学院、宾州大学医学院、哈佛大学医学院（附属麻省总医院、贝丝以色列女执事医学中心）、休斯顿卫理公会全球健康服务中心、德国雷根斯堡大学医院、英国桑德兰大学、比利时布鲁塞尔大学、澳大利亚科廷大学、加拿大西蒙弗雷泽大学、新加坡国立大学医院、香港中文大学威尔士亲王医院、香港大学玛丽医院等国际知名学府进修学习。

医院先后与德国纽伦堡大学医学院、不莱梅港中心医院、英国伦敦大学、英国爱丁堡大学、加拿大西大略大学器官移植中心、美国休斯敦卫理公会医院、法国里尔大学医疗中心、韩国全南大学校病院、韩国大田宣医院建立、南非开普敦大学格鲁特舒尔医院起长期合作与交流平台，缔结友好医院。