莆田市妇幼保健院前身是莆田县妇幼保健院，成立于1982年。2002年4月因区划调整升格为莆田市妇幼保健院，隶属市卫生局管理，是非营利性的公益性事业单位。由于受2011年"南玛都"台风洪涝灾害影响，医院医疗和办公用房不能正常使用，2013年8月，根据莆田市人民政府专题会议纪要（[2013]60号）精神，医院纳入莆田学院附属医院医疗集团管理。经市政府、市卫生局研究同意，于同年8月10日整体搬迁至莆田学院附属医院老院区，12月与莆田市儿童医院、圣路加妇产医院共同成立为莆田市妇女儿童医疗保健管理中心。

医院现在编人员91人，高级职称人员14人，中级职称40人，设有保健部、妇女保健科、儿童保健科、信息资料科、生殖保健科（婚检中心）、健康教育科等科室（其中妇产科、小儿科、麻醉科、超声科、检验科等临床医技科室合并到莆田学院附属医院医疗集团统一管理）。医院始终坚持"以保健为中心，以保障生殖健康为目的，实行保健与临床相结合，面向群体、面向基层和预防为主"的妇幼卫生工作方针，按照我市妇女儿童发展纲要的目标和要求，建立健全了三级妇幼保健网络，开展孕产妇和儿童系统管理，推行降低孕产妇死亡率干预措施和免费婚前医学检查工作，实施预防艾滋病母婴传播和新生儿疾病筛查及妇女病普查普治工作。