新疆医科大学第一附属医院昌吉分院前身为昌吉市第二人民医院,是一所非营利性综合性二级甲等医院。2014年12月,新疆医科大学第一附属医院与昌吉市人民政府正式签署《托管合作框架协议》,按照理事会下的执行院长负责制,对昌吉市第二人民医院整体托管,进行为期30年的经营管理,共建新疆医科大学一附院昌吉分院。医院由科级升格为副县（处)级。