余干县中医院创建于1985年，是一所具有中医特色、中西医结合的集医疗、教学、科研、保健等为一体的“三级乙等”综合性医院。设有内、外、儿、妇产、康复、急诊、五官、骨伤、血液透析、等临床科室，同时设有结石、不孕不育、皮肤性病、肝病、肾病、糖尿病、骨关节病、针灸、按摩、肛肠等特色专科。

余干县中医院编制人数81人，实有人数358人，其中：在职人数317人，退休人员41人。重点科室：1、康复内科：我院国家级重点专科，科室内临床医师由我院各科室择优抽调，大部分为高年资中医专业医师，采用辨证施治，中西结合疗法，对心脑血管病、肾病、糖尿病、胃病、慢支、肺心、儿科疾病及各种疼痛、腰椎间盘突出、骨关节痛等的治疗和后期康复疗效确切，深受患者好评。2.肾病血液透析治疗中心：我院血液透析中心成立于2009年，全县最早，规模最大，影响最广。现有医护人员6人，开设血透床位10张，我中心拥有最先进的瑞典、德国和日本进口的血液透析机9台，血滤机1台。我科技术先进，经验丰富，医护人员先后赴省一附院、省中医院等大型医院进修学习，不仅可以为患者进行高质量的常规透析，还开展了自体动静脉内瘘手术、临时性中心静脉置管术。护理人员服务态度好，操作熟练，能为患者提供高质量的服务。3.中医骨伤科：我院特色中医专科，采取强强联手的办法，与“江氏正骨”传承人江新浩主治医师联手组建力量强大的骨伤科，用“江氏正骨”的保守疗法与我院强大的外科技术力量相结合，为骨伤患者提供完善、合理、经济、有效的服务。我科设备先进，技术高超，在鄱余万及周边地区享有很高的声誉。4.肝病专科：省级重点中医特色专科，由高年资医师坐诊，运用中西医结合疗法，并辅以现代化诊疗设备，对于各种病毒性肝炎、酒精肝、脂肪肝、肝功能异常、药物性肝炎、肝硬化、肝腹水以及“大小三阳”转阴等有特效，本科室将以精湛的技术、高尚的医德竭诚为肝病患者服务。5.骨关节疼痛专科：省级重点中医专科，引进先进的四维颈腰椎牵引仪，以针灸、热敏灸，磁热疗等为治疗方法，对下列病症能起到特殊治疗效果。6.肛肠科：省级重点中医专科，江西中医药大学第一附属医院肛肠科合作科室，我科医师曾在国内多家大型医院肛肠专科学习，有丰富的临床经验，专业技术精湛，科室设备先进，运用中西结合方法专业治疗各种痔疮、肛瘘、肛周脓肿、慢性结肠炎、溃疡性结肠炎、克隆氏病、便秘、大肠肿瘤、大肠息肉等肛肠常见病和疑难病。7.妇产科：余干县中医院品牌科室，经验丰富，技术精湛，对妇科各种疑难疾病及产科中的顺产和病理产科均能准确、快速处置。本科室内能开展新式剖腹产术及新式子宫切除术，精通输卵管吻合术，并在无痛人流、利普刀（一次性根治宫颈糜烂）、不孕症、月经不调方面有独特优势。