克州人民医院始建于1954年7月，前身为阿图什卫生院，经过60余年的艰苦奋斗，已发展成为一所学科配套、设备完善、技术力量雄厚，集医疗、教学、科研、预防、保健、康复、急救、养老于一体的现代化三级甲等综合医院。2019年，医院建成"南京医科大学附属医院"，为医院发展揭开了新篇章。2020年获批国家级胸痛中心并挂牌、获批国家级住院医师规范化培训基地，获批自治区首批互联网医院和自治区工业和信息化厅5G+医疗健康应用试点项目。是南京医科大学附属医院和江苏省医疗人才"组团式"援疆（克州）的唯一受援医院。

医院占地面积153亩，业务用房13万余平方米，分帕米尔路院区和友谊路院区；定编床位1500张，实际开放床位1800张，拥有各种先进的医疗设备近千台（件）。

自2016年开始，按照中组部的统一部署，江苏省实施"组团式"医疗援疆模式，截至2020年，已从4所大学、9家省属三级甲等医院共选派近百名医疗骨干"组团式"援助克州人民医院。江苏"组团式"援疆开展以来，每年投入专项资金不少于2000万元用于克州人民医院发展建设。在江苏"组团式"援疆医疗团队帮扶下，医院明确目标、整合资源、提升学科建设水平，构筑核心竞争力，打造健康管理中心；紧抓一带一路机遇创建中吉国际医疗联合体；建成克州医养结合健康扶贫养老中心和柯尔克孜民族医药研究院。以"院包科"和"师带徒"的形式重点支援医院20多个专科；与近200名当地医务人员结成师徒对子；2020年，在做好疫情防控工作的同时，持续推进五大中心建设，在第三批"组团式"援疆医疗团队帮扶下，紧抓机遇，先后成立"励建安院士工作站""阮长耿院士工作站"；充分运用5G网络，建成南疆首批互联网医院，开展心明眼亮工程，挂号在克州、看病在江苏，挂号在克州、B超在江苏等医疗惠民项目；打造融健康管理、预防保健等公共卫生于一身的健康服务共同体（"健共体"），构筑了优质高效的整合型医疗健康服务体系，全力改善医疗服务；紧紧围绕自治区党委"1+3+3+改革开放"总体部署，深化完成"访惠聚""1+2+5"目标任务；一系列举措让医院在规模建设、医疗技术、服务、科研教学等方面有了质的提升、量的扩展，为打造"业务精湛、服务周到、管理科学、环境温馨"的区域医疗服务中心而不懈努力，为全州各族人民的身体健康保驾护航。

近年来，在"组团式"援疆的帮扶下，先后获得国家级保障医疗安全示范单位、国家爱婴医院、国家级胸痛中心、"第四批次中国房颤中心建设单位"、国家级住院医师规范化培训基地、改善医疗服务示范医院荣誉称号、高级卒中中心建设单位、自治区卫生系统先进集体、自治区民族团结先进集体、自治区扶残助残先进集体、自治区模范职工之家、全国有影响力的志愿服务组织、中国宫颈癌防治工程定点医院、自治区青年文明号、自治区级先进女职工委员会等荣誉。